朱熹治学的方法可谓“支离”。避免这样支离，另有捷径。此即以每一个人自己的心理，作为结构宇宙的工具，而所谓心理，即包括视觉和听觉，也包括直觉和灵感。宇宙的自然法则和社会的伦理道德合为一体，很难获得实证，但在心理上却可以不言自明。宇宙的伟大与完美，无须有赖分析，就可以在个人的心理上引起合群为善的精神，从而自然而然地领悟到社会道德的真谛。其最高境界，可以使人摆脱日常生活的忧虑，心灵上达到澄澈超然。持这种看法的人，常说“将发未发之际”也就是杂念冰消、情绪宁静之际，此时视觉、听觉、触觉还没有全部开动，而是凭个人的直觉可以领会到宇宙间一种无可形容的美感。
以这种方法治学是为“心学”，和朱熹的“理学”相对。心学派反对理学派累赘的格物致知，提倡直接追求心理的“自然自在”；理学派则认为心学派也大有可以非议之处：宇宙的真实性如果存在于人的心中，任何人都可以由于心的开闭而承认或者拒绝这一真实性。这样，世间的真理就失去了客观的价值，儒家所提倡的宇宙的一元化和道家的“道”、释家的“无”也很难再有区别。一个人可以用参禅的方式寻求顿悟，顿悟之后，所获得澄澈超然的乐趣仅止于一身，而对社会的道德伦理则不再负有责任。耿定理的终身不士就是一例。再则，儒家的经典一贯是士大夫行动的标准和议论的根据，而心学一经风行，各人以直觉为主宰，全部经典就可以弃置不顾。李贽全凭个人的直觉和见解解释经典又是一例。
如果知识分子放弃了正统的儒家观念，则王朝的安全会立即受到威胁。知识分子在政治上是政府中的各级官员，在经济上是中等以上的地主，因而也是这个社会的真正主人。而正统的儒家观念又是维系他们的纽带，除此而外，再无别的因素足以使他们相聚一堂，和衷共济。所以李贽在晚年被捕入狱，虽然也被指控为行为不检，但审判官在审讯的时候对此并不斤斤计较，所注意的乃是他“感世诬民”的著作。李贽本人也早就预感到了这一点。他把他的一部著作题为《焚书》，意思是早晚必将付之一炬；另一部著作题为《藏书》，意思是有干时议，必须藏之名山，等待适当的时机再行传播。
李贽与耿定向决裂以后，随即公布了他写给耿定向的函件，指斥他的虚伪。耿定向以眼还眼，如法炮制，也把他写给另一位朋友的信广为抄传，信上说：“昔颜山农（颜钧）于讲学会中忽起就地打滚，日：‘试看我良知！’士友至今传为笑柄。”在这一
似乎是漫不经意的开场之后，他跟着就指出，李贽的种种古怪行为，无非是就地打滚之意，目的在于不受拘检，参会禅机。但是耿定向又不无恶意地提到，李贽曾经强迫他的幼弟狎妓，还提到李贽有一次率领僧众，跑到一个寡妇的卧室里化缘。在耿定向看来，这些放荡的行为，也是李贽以良知为主宰，寻求顿悟的方法，与颜山农的就地打滚无异。
李贽在1587年对这种攻击作出答辩。除了关于寡妇的事件以外，他对自己的不拘形迹毫不掩饰。最值得注意的是他对“就地打滚”的评论。他说，他从来没有听到过这一故事，如果真有这件事，只能证明颜山农确实参透了“良知真趣”。他又说：“世间打滚人何限？日夜无休时。大庭广众之中，谄事权贵人以保一日之荣；暗室屋漏之内，为奴颜婢膝事以幸一时之宠。无人不滚，无时不然，无一刻不打赢”当一个人真能领悟到打滚的真趣，则另有境界，此即“当打滚时，内不见已，外不见人，无美于中，无丑于外，不背而身不获，行庭而人不见，内外两忘，身心如一。难矣，难矣！”他认为耿定向的耻笑无损于颜山农，“即千笑万笑、百年笑千年笑，山农不理也。何也？佛法原不为庸众说也，原不为不可语上者说也，原不以恐人笑不敢说而止也”。
以上一段公案，可以看作当时心学派反对理学派的一个事例。李贽与耿定向的个性不同，但是他们之间互相嘲讽侮弄，已经超出了个性的冲突。其中的微妙之处，乃是耿定向并不属于正统的理学派，而是和李贽同属心学派中的泰州学派。仅仅在攻击李贽“未信先横”这个问题上，他的立场近似于理学派。
心学的发展在明代进入高潮。由于王阳明的创造发挥，这种思想已经形成一个完整的系统。王阳明原来也属于朱熹的信徒，据他自己说，他曾经按照朱熹钓方法格物，坐在竹子之前冥思苦想。但是格来格去，始终没有格出一个所以然，自已反而为此病倒。这个故事反映了他相信物质之理和道德之理相通，但是他没有接受理学的类比方法。既然此路不通，他就另辟蹊径，最后终于悟出一个道理，即宇宙间各种事物的“有”，完全出于个人心理上的反映，比如花开花落，如果不被人所看见，花就与心“同归于寂”。所谓天理，就是先天存在于各人心中的、最高尚的原则。忠孝是天理，也是心中自然而然产生的观念。
王阳明受过佛家思想的影响，他的宇宙观也属于一元论。他的所谓“良知”，是自然赋予每一个人的不可缺少的力量。它近似于我们常说的良心。但是良知并不能详尽知悉各种事物的形态功用，具有这种知悉作用的是“意念”。良知只是近似于意念的主宰者，可以立即对意念作出是非善恶的评判。他的思想系统中还有一个主要方面，就是对因果关系的重视。在他看来，一件白的物体的白色乃是因，在观察者的心中产生了白色的感觉才是果。这种对因果关系的理解推导出了他的“知行合一”说。他认为，知识是一种决断，必定引起一种行动。一个人见到美色就发生爱慕，闻到臭味就发生厌恶，见和闻是“知”，爱慕和厌恶则为行，前者立即产生后者。所以，在王阳明看来，“致良知”是很简单的，人可以立时而且自然地“致良知”，但是不断地按照良知行事就很困难。这和孔子关于“仁”的学说颇为相似：凡人立志于仁就可以得到仁，但是每日每时都不违背仁，即在圣贤也不易做到。
王阳明并没有为真理而真理的倾向。和朱熹一样，他的目的也在于利用他的思想系统，去证实他从小接受的儒家教条，以求经世致用。他的方法较之朱熹更为直接，然而这里也埋伏着危险。如果一个人把王阳明的学说看成一种单纯的方法，施用于孔孟教条之前，就很可能发生耿定向所说的“未信先横”，以为自己的灵感可以为真理的主宰。其后果，则可以由于各人的个性和背景而趋向于泛神主义、浪漫主义、个人主义、自由主义、实用主义，甚至无政府主义。这也就是王学的危险之所在。它存在着鼓励各人以自己的良心指导行动，而不顾习惯的道德标准这一趋向。1587年，李贽就走到了这条道路的交叉点。
几个世纪以后，对李贽的缺点，很少有人指斥为过激，而是被认为缺乏前后一致的完整性。他的学说破坏性强而建设性弱。他没有能创造一种思想体系去代替正统的教条，原因不在于他缺乏决心和能力，而在于当时的社会不具备接受改造的条件。和别的思想家一样，当他发现自己的学说没有付诸实施的可能，他就只好把它美术化或神秘化。
李贽的学说一半唯物，一半唯心，这在当时儒家的思想家中并非罕见。这种情形的产生，又可以追究到王阳明。